Pluto là một siêu phẩm manga với lớp nhân vật là những người máy có cảm xúc, suy nghĩ, sống chung với con người. Cốt truyện của Pluto xoay quanh những cuộc điều tra của Gesicht, một thanh tra người máy Đức làm việc cho tổ chức cảnh sát châu Âu Europol. Gesicht phải tập trung điều tra những vụ án mạng liên tục xảy ra với những người máy mạnh nhất, vốn là biểu tượng được yêu mến trên toàn thế giới. Trước tình cảnh đó, Gesicht một thanh tra người máy, vốn là một trong 7 người máy, đã đứng lên bảo vệ những người bạn của mình và tìm ra thủ phạm. Atom, cậu bé người máy duy nhất còn lại trong cuộc thảm sát người máy của Pluto, là nguồn hy vọng duy nhất để Gesicht tìm ra chân tướng sự việc và giúp ông chống lại Pluto. Điểm chung của những nạn nhân người máy này là họ đều từng phục vụ trong cuộc chiến ở Trung Đông nhằm tiêu diệt nhà nước độc tài ở đây. Lần lượt từng thành viên của đội người máy tham gia chiến tranh Trung Đông lần thứ 39 bị giết, người duy nhất còn lại là Atom, cậu bé người máy là nguồn hy vọng duy nhất để chống lại thủ phạm của các vụ án mạng, người máy hủy diệt Pluto. Trải qua cuộc điều tra, Gesicht cũng nhận ra rằng các người máy đã bị lừa khi tham gia cuộc chiến ở Trung Đông bởi một nguyên nhân hoàn toàn không có thực, và nhà nước Persia không hề độc tài mà chỉ là bình phong để hiệp chủng quốc Thracia nắm giữ vị thế của mình.